最新研发改良的植物RNA强力裂解液HL,适用性非常广泛,可以从多种植物组织(包括多糖多酚型)、真菌、一些细菌、一些酵母中成功提取高质量RNA(用于细菌、酵母的RNA提取均有客户案例,例如山东省农科院某课题组使用某厂家酵母RNA提取试剂盒提取酵母RNA失败,转而使用诺贝莱RNE35广谱型植物RNA提取试剂盒成功提取)。
诺贝莱植物RNA提取试剂盒共有三款,分别是“RNE31植物RNA快速提取试剂盒”,“RNE35广谱型植物RNA提取试剂盒(DNase I)”,“RNE33多糖多酚植物RNA提取试剂盒(gDNA清除柱)”,他们均配备强力裂解液HL,相同的裂解纯化系统(最高RNA得率超过70 μg);区别在于去除DNA残留的方式不一样,如下表:
Flyingshark™植物RNA提取系列 |
去除DNA方式 |
提取时间min |
下游实验 |
不去除 |
10-15 |
用于对DNA残留不敏感的实验或者去除DNA后用于所有RNA实验 |
|
DNase I |
30-40 |
直接用于所有RNA实验 |
|
gDNA清除柱 |
15-20 |
直接用于所有RNA实验 |
通过电泳图可以直观对比三款试剂盒的提取效果:电泳条带全部清晰明亮无降解,RNE31存在少量的DNA残留,RNE35和33均无明显DNA污染。以超微量核酸蛋白检测仪测定RNA浓度,结果如下表:
货号 |
浓度(ng/μl) |
OD260/280 |
OD260/230 |
RNE31 |
1107 |
2.06 |
2.06 |
1030 |
2.03 |
2.02 |
|
RNE35 (DNase I) |
970 |
2.04 |
2.02 |
952 |
2.06 |
2.04 |
|
RNE33 (gDNA清除柱) |
876 |
2.05 |
2.04 |
874 |
2.04 |
2.02 |
RNE31得率在50 μg以上,RNE35得率在45 μg以上,RNE33得率在40 μg以上。
除此之外,RNE31和RNE35还增加了过滤柱套件(Filter Columns FS)用于过滤去除裂解上清中可能残留的组织碎片,更能确保RNA纯度的稳定性。
附录1
最新强力裂解液HL是在老款HL裂解液基础上,经过科学的优化配方配比改良而来,提高了裂解液的裂解能力和提取的灵敏度。试剂盒中所有溶液全部采用进口分子生物学级生化试剂配制,辅以先进的配制工艺确保不同批次间稳定性极佳。
使用RNE35广谱型植物RNA提取试剂盒(DNase I)提取80 mg连翘叶片,每组两次重复,50 μl RNase-free H2O洗脱,RNA溶液做两倍稀释后取1 μl进行琼脂糖凝胶电泳(125 V,25 min),电泳图谱如下:
电泳条带清晰明亮无降解,无DNA残留。测定RNA浓度如下表:
|
浓度(ng/μl) |
OD260/280 |
OD260/230 |
升级后 |
990 |
2.07 |
2.04 |
1011 |
2.06 |
2.07 |
|
升级前 |
906 |
2.04 |
2.08 |
888 |
2.03 |
2.07 |
简单测算升级后浓度提高~23%。
使用RNE35广谱型植物RNA提取试剂盒(DNase I)提取80 mg夏至草叶片,每组两次重复,50 μl RNase-free H2O洗脱,RNA溶液做五倍稀释后取1 μl进行琼脂糖凝胶电泳(125 V,25 min),电泳图谱如下:
电泳条带清晰明亮无降解,无DNA残留。测定RNA浓度如下表:
|
浓度(ng/μl) |
OD260/280 |
OD260/230 |
升级后 |
1466 |
2.02 |
2.04 |
1489 |
2.06 |
2.11 |
|
升级前 |
1167 |
2.08 |
2.03 |
1144 |
2.04 |
2.01 |
简单测算升级后浓度提高~28%。
附录2
DNase I是一种需二价阳离子的脱氧核糖核酸内切酶,可用于降解单链或双链DNA。用于不含DNA的RNA制备,去除体外转录之后的模板DNA,在RT-PCR及RT-qPCR反应前制备不含DNA的RNA等实验。
诺贝莱生物配制的DNase I(货号RNE36),无RNase污染,高效特异消化残留的DNA,兼容所有离心柱式RNA提取试剂盒。柱上消化效果如下述电泳图:
附录3
1. 电泳图显示28 S条带暗,18 S亮,就一定是RNA降解吗?
实际上,RNA跑琼脂糖电泳是一个比较方便但并不特别严格的检测RNA质量的手段,当RNA上样量过高,或胶中染色剂浓度较低时会出现过载现象,导致28 S没有被染色剂饱和,此时可以尝试降低RNA上样量或直接提高染色剂浓度。
下图展示的是一个RNA上样过载导致28 S比18 S暗的例子,当对RNA做适当稀释,减少上样量后,28 S恢复正常显色。
如何判断是降解还是上样过载呢?观察上图红色箭头指示的条带两端,两端亮中间暗,则大概率上是染色剂缺失造成的28 S未被饱和。